กรมศิลปากรได้ประกาศให้วัดญาณเสนเป็นหนึ่งในโบราณสถานแห่งชาติ เมื่อวันที่ 18 มีนาคม 2584 และได้รับการขึ้นทะเบียนเป็นมรดกโลก เมื่อวันที่ 13 ธันวาคม พ.ศ.2534
สิ่งที่น่าสนใจภายในวัด
เจดีย์ประธานของวัดญาณเสนเป็นเจดีย์ย่อมุมไม้สิบสอง ลักษณะคล้ายเจดีย์ศรีสุริโยทัย เดิมนักวิชาการสันนิษฐานว่าเจดีย์ถูกสร้างขึ้นช่วงอยุธยาตอนกลาง ประมาณปี พ.ศ. 2100-2200
เจดีย์ประธานของวัดญาณเสนได้รับการบูรณะ 2 ครั้ง ครั้งแรกเมื่อปี พ.ศ. 2487 พบพระพุทธรูปสัมฤทธิ์ทั้งสมัยลพบุรีและอยุธยา ส่วนครั้งที่ 2 คือในปี พ.ศ. 2544 พบเครื่องปั้นดินเผาและเครื่องใช้โบราณ รวมถึงพบว่ามีการพอกปูนทับเพื่อปรับเปลี่ยนรูปแบบเจดีย์ประธาน นั่นแสดงว่าเจดีย์มีมาก่อนช่วงกลางอยุธยาแต่ได้รับการบูรณะในช่วงกลางอยุธยาให้มีลักษณะเป็นเจดีย์ย่อมุมไม้สิบสองดังที่เห็นอยู่ในปัจจุบัน นอกจากนี้ยังมีการค้นพบอีกด้วยว่าในการบูรณะในสมัยกลางอยุธยานั้น ผู้บูรณะได้สร้างเจดีย์รายเพิ่มเติมขึ้นมาด้วย สำหรับเจดีย์รายรอบเจดีย์ประธานมีอยู่ทั้งหมด 5 องค์ ซึ่งพังทลายลงมา 4 องค์ ปัจจุบันเหลือเพียงองค์เดียวที่อยู่ในสภาพสมบูรณ์
อุโบสถ
พระอุโบสถของวัดญาณเสนที่สร้างขึ้นในสมัยอยุธยาผุพังลงไปมาก ทางวัดได้สร้างอุโบสถขึ้นใหม่บนฐานเดิมในปี พ.ศ. 2487 ทำให้ฐานของพระอุโบสถยังคงมีโค้งสำเภาอันเป็นศิลปะอยุธยาหลงเหลืออยู่ นอกจากนี้องค์พระอุโบสถที่สร้างขึ้นใหม่ ยังสร้างเลียนแบบศิลปะอยุธยาหลายส่วน เช่น ช่องแสง (แทนที่จะเป็นหน้าต่าง) เหนือช่องแสงมีซุ้มพระ และมีพระพุทธรูปประดิษฐานอยู่ แต่ไม่ครบทุกซุ้ม
พระพุทธรูปโบราณ
ภายในพระอุโบสถมีพระพุทธรูปโบราณ 3 องค์ประดิษฐานอยู่ ได้แก่ พระประธานองค์กลาง ซึ่งเป็นองค์ที่ใหญ่ที่สุด และพระพุทธรูปอีก 2 องค์ขนาบซ้ายขวา โดยพระพุทธรูปทั้ง 3 องค์นั้นล้วนเป็นพระพุทธรูปปางมารวิชัย มีพระโมคคัลลานะและพระสารีบุตรประนมมืออยู่ข้างพระพุทธรูป
พระพุทธรูปปางมารวิชัยสามองค์นับเป็นสัญลักษณ์ของวัดญาณเสนที่มักจะอยู่ด้านหลังพระเหรียญหรือวัตถุมงคลของทางวัดร่วมกับธรรมจักรเสมอ
ศาลพระพรหม
ศาลพระพรหมตั้งอยู่ในวัดส่วนที่สร้างขึ้นใหม่ ไม่ใช่โบราณสถาน แต่ก็มีผู้ศรัทธาเข้าไปกราบไหว้อยู่เป็นประจำ เชื่อกันว่าพระพรหมที่วัดญาณเสนนี้ศักดิสิทธิ์มาก ขออะไรสมปรารถนาทุกอย่าง ทำให้มีผู้นำพวงมาลัยดอกดาวเรืองและพวงมาลัย 7 สี 7 ศอกมาบูชาอยู่เป็นประจำ ไม่ขาดสาย
กราบรูปเหมือนหลวงปู่ชื้น พุทธสโร
หลวงปู่ชื้น พุทธสโร นับเป็นเกจิอาจารย์ชื่อดังของจังหวัดพระนครศรีอยุธยา นักท่องเที่ยวส่วนใหญ่ที่มาวัดญาณเสน มาด้วยศรัทธาที่มีต่อหลวงปู่ชื้น แม้ท่านจะมรณภาพไปแล้ว แต่ทางวัดก็สร้างรูปเคารพของท่านเอาไว้ เป็นรูปหล่อสัมฤทธิ์นั่งขัดสมาธิลืมตา ขนาดเท่าองค์จริง เพื่อให้สาธุชนได้กราบไหว้บูชา และระลึกถึงความเมตตาของท่าน
